Ризик пошкодження ОС при використанні оригінальної версії KMSAuto мінімальний, оскільки програма працює через стандартні механізми активації, не змінюючи критичних системних файлів. Проте використання підроблених або заражених версій може призвести до вірусного зараження чи некоректної роботи системи. Тому важливо завантажувати KMSAuto лише з перевірених джерел і перевіряти файл антивірусом перед запуском.