Открываем программу MKVMERGE GUI.
http://i.piccy.kiev.ua/i2/c0/cb/7343...4a4653351e.png
Далее нажимаем add и указываем пути видео и дорожки
В поле Tracks ставим галочку на нужный нам потоках (1), в Browse указываем путь выходного mkv файла (2) и нажимаем Start Muxing (3)
http://i.piccy.kiev.ua/i2/c5/29/53ac...d20b643dcc.png
Готово!
